一、乙肝治療之病原診斷：病原學診斷非常重要，因爲抗病原治療是治療慢性肝炎的關鍵。必有注意的是，除了乙型和丙型肝炎病毒能夠引起惺肝炎之外，其他病毒，其他病原都有可能引起類似慢性病毒性肝炎的表現，有時也可與慢性病毒性肝炎同時存在。這在診斷方面必有認真考慮。
二、乙肝治療之病毒複製活躍程度的判斷：這是指導抗病毒治療的依據。在這方面如果能有準確的病毒宣的檢測方法，則不但可以指導抗病毒藥物的用量，而且可以指導療程(治療3個月後，如果病毒量毫無變化似可改用共創療法，如果明顯減低則可堅持治療等等)。問題的關鍵是檢測要準確。如果能研究一種比較便宜的定量的方法，對於這種方法的推廣應用非常重要。用目前常用的檢測方法來初步推測病毒的複製情況也可能有一定意義，值得研究。
三、乙肝治療之對肝臟炎症程度的判斷：這對指導抗炎症治療非常重要。一般認爲血清轉氨酶的高低可反映肝臟的炎症程度。如果病人血清轉氨酶很高，甚至伴有黃疸，這常表示肝臟炎症比較明顯。但是如果病人血清轉氨酶很低或者完全正常，並不能完全表示肝臟炎症很輕或者完全沒有炎症。因爲有人證明血清轉氨酶完全正常者，還有10%的患者爲慢性活動性肝炎，甚至肝硬化。因此最好的判斷方法是進行肝臟活體組織檢查。
四、乙肝治療之對肝臟纖維化程度的判斷：這對指導抗纖維化治療很重要。目前國內外有不少檢測肝纖維化的方法，但由於試劑沒有標準化。因此其可靠性值得進一步驗證，唯一可靠的還是肝深入分析組織檢查。
五、乙肝治療之對人體免疫功能的判斷：從理論上這對應用免疫治療非常重要。可惜現在能用於臨牀且質量穩定的檢測方法太少。目前只能盲目應用，對於免疫療法是否有效，只能根據臨牀的治療效果來判斷。
六、乙肝治療之對患者全身狀態及肝功能狀態的判斷：如果病人全身情況不好，合併有嚴重的重要器官的疾患以及肝硬化，特別是嚴重的肝功能代償不全，以及全身免疫性疾病等，在選用抗病毒藥物時須慎重考慮。這時，如果應用增加肝細胞損傷的治療方法，(如某些免疫療法，包括干擾素)，則有可能使病情進一步加重。甚至危及病人生命。如果必須應用抗病毒治療，則可選用單純作用於病毒而不影響機體免疫功能的抗病毒藥物可能比較安全。
在乙肝治療過程中，要定期進行乙肝兩對半檢測，及時瞭解乙肝病情，才能進行有針對性的治療。
