導致打疫苗後遺症的原因有可能是對疫苗不良反應受害者的補償救助機制封閉滯後，陷入“大鬧大解決，小腦小解決，不鬧不解決”的怪圈。
中國是疫苗的最大消費國，但是很多人在注射疫苗時還是沿用三十年前的生產技術，所以由於技術不夠先進，最終導致打疫苗後遺症。
打疫苗後遺症的原因有可能是由於疫苗冷鏈保存與運輸中存在隱患，規範執行不到位，疫苗變質風險極大。
科研機制急功近利，免疫學人才留不住也是打疫苗後遺症的重要原因之一。
對於疫苗不良反應的鑑定工作做的不夠到位，由於目前我國現行的有關規定讓疾控機構“既當運動員又當裁判員”。所以這也是導致打疫苗後遺症的重要因素之一。
一類疫苗市場基本由6生物製品研究所和中國生物技術集團壟斷，根本沒有優勝劣汰的促進機制，所以最終導致打疫苗後遺症。
