1.與精神發育遲緩相鑑別
精神發育遲緩是以智力低下和適應能力缺陷爲主要特徵。一般是和善、可親的，沒有孤獨等嚴重的社會交往障礙。重度精神發育障礙患兒常伴有外貌呆滯等特徵，依此可與孤獨症區別;部分兒童精神發育遲滯兒童可以表現有孤獨症樣症狀，多數孤獨症兒童亦表現精神發育遲滯。可以根據孤獨症兒童的社交障礙、行爲特徵以及部分特別認知能力加以鑑別。
2.與兒童精神分裂症相鑑別
該病患兒一般發育正常，智力正常，具有情感、思維障礙或幻覺妄想等精神分裂症的徵候，孤獨症兒童不存在妄想和幻覺，鑑別不難。
3.與兒童注意力障礙多動綜合徵相鑑別
該病患兒主要以多動、注意力障礙爲主要表現，智力正常或基本正常，無人際交往困難。
4.與阿斯伯格綜合徵相鑑別
阿斯伯格綜合徵是廣泛性發育障礙的一種類型，患兒有社會交流障礙和重複刻板行爲，但是在語言和認知能力方面發育正常，而且多數患兒可能在認知的某些方面表現爲超常，尤其是對文字、地圖、統計表等記憶方面;動作笨拙是該病的一個特徵，在學校難於和同學建立友誼關係，通常僅僅在學齡期才被發現。較容易與高功能孤獨症混淆，鑑別要點是高功能孤獨症兒童存在語言發育遲緩，而阿斯伯格綜合徵患兒沒有明顯的語言發育落後現象。
5.與兒童瓦解性精神障礙相鑑別
又稱嬰兒癡呆或Heller綜合徵，患兒在至少兩歲以前發育正常。之後出現明顯而迅速的語言、社交、遊戲和適應能力倒退，大小便失禁等，早期發病者與孤獨症的鑑別相當困難。
6.與Rett綜合徵相鑑別
Rett綜合症僅見於女孩，患兒在早期發育正常，在大約6-24個月左右起病，病情發展通常經歷四個階段，早期起病停滯階段(6-18月)、快速倒退階段(1-4歲)、假性停滯階段(學前-學齡早期)和晚期運動衰退階段(5-15歲)。在第一和第二階段出現孤獨症樣表現，包括語言功能的喪失、特徵性的手部刻板"洗手"動作、智力顯著倒退和過度通氣。但是該病患兒在第三四階段表現有較爲明顯的神經系統症狀和體徵，例如肌張力減低、軀幹共濟失調和失用、脊柱側突和後突，重症患兒出現強直狀態，多數病例伴有癲癇發作。據此可與孤獨症鑑別。
7.廣泛性發育障礙
PDD-NOS可用於診斷那些輕型或不典型孤獨症。
8.其他需要與孤獨症鑑別的疾病
還有注意缺陷多動障礙、嚴重學習障礙、選擇性緘默症、感受性語言發育障礙等。
