治療原則：流感患者應及早臥牀休息，多飲水、防止繼發感染。病情輕者，選用1、2種中成藥或中西藥複合製劑或以簡易驗方治療。病情重者，按辨證分型服用湯劑，同時加用抗病毒藥物；高熱驚厥者加用解熱鎮靜劑；咽喉炎症較重者，予以霧化吸入。合併細菌性咽炎或肺炎者，應針對病原選用抗菌藥物。
現代醫學療法：
主要是對症治療，包括解熱止痛和防治繼發細菌感染。高熱與身痛較重者可用鎮痛退熱藥，但應防止出汗較多所致的虛脫，在兒童中禁用阿司匹林，防止Reyes綜合徵的發生。乾咳者可用咳必清，棕色合劑或可待因。高熱、中毒症狀較重者，應於以輸液與物理降溫，密切觀察病情，及時處理併發症，如有繼發細菌感染時，針對病原菌及早使用適宜的抗菌藥物。
老年流感患者或養老院人員應在發病的最初1～2天內給於金剛烷胺鹽或金剛乙胺，能減輕症狀，縮短病程，起治療作用。金剛烷胺和金剛乙胺可阻斷病毒複製，對A型流感有預防和治療作用。金剛烷胺成人劑量爲每日100～200mg，分2次服用，可縮短病程並減少病毒的釋放。須在發病後第一天開始應用，療程3－5天。兒童爲每日4.4～8.8mg/kg，分2次服用，療程爲5～7天，一般無副作用，但須注意胃腸道和神經系統反應，如過度興奮、言語含糊、震顫、失眠、頭昏、乏力、情緒障礙、共濟失調等，金剛乙胺的副反應比金剛烷胺要少。在甲型流感暴發流行後對易感者可考慮預防應用。
腎功能衰退或/與陰離子藥物（如Triameterins）的相互作用會抵制腎小管分泌金剛烷胺，故65歲以上，腎功能衰退的老年患者應減少劑量，注意副反應。在經金剛烷胺或金剛乙胺治療病人中約30%可分離到耐藥毒株，而在接受預防的密切接觸者中則較少分離到。這些耐藥株最早可在治療期的2～3天內出現，經實驗室多次傳代後這些耐藥株仍能保留其耐藥性，有遺傳上的穩定性。在家庭和養老院的流行過程時可見到這些耐藥株能在病人中傳播，經藥物預防的接觸者仍能產生典型流感症狀，值得注意。
中醫辨證分型治療：
中醫將流感主要分爲風熱型及風寒型。
對於發熱重、惡寒輕，頭痛，有汗，口渴，咽乾且痛，小便短赤，苔薄黃，脈浮數的風熱型流感，治療宜辛涼解表、宣肺泄熱，多以銀翹散加減（金銀花、連翹、貫衆、淡竹葉、牛蒡子、鮮蘆根、桔梗、芥穗、薄荷、甘草）；
對於惡寒重、發熱輕，身痛較重，頭痛，無汗，鼻塞流涕，咽癢咳嗽，痰稀，四肢酸楚，苔薄白而潤，脈浮的風寒型流感，治療宜辛溫解表、宣肺散寒，多以荊防敗毒散加減（荊芥、防風、柴胡、前胡、羌活、桔梗、川芎、白芷、葛根）。
當流感兼夾暑溼，症見身熱不揚，雖汗出而身熱不解，心煩，尿赤，苔黃膩，或頭暈目脹，四肢睏倦，骨節痛重，苔白膩，脈弦滑或濡數時，治宜疏散風邪，清暑利溼，藥用藿香正氣散（藿香、蘇葉、白芷、桔梗、半夏、茯苓、白朮、陳皮、生薑）或香薷飲（銀花、連翹、香薷、扁豆花、佩蘭、藿香、厚朴、六一散）。
當流感兼夾燥證時，除見風熱之症外，鼻幹脣裂，口舌生瘡或乾咳無痰，舌質赤紅，苔黃少津，脈細數。此時治療宜疏散風邪、清肺潤燥，藥用桑杏湯加減（桑葉、杏仁、沙蔘、川貝、豆豉、梔子、薄荷、山豆根）。
常用中成藥：
風寒流感：可用荊防敗毒散、感冒清熱沖劑、正柴胡飲沖劑；
風熱流感：可用銀翹解毒顆粒劑、桑菊感冒片、雙黃連口服液、抗病毒口服液。
中藥如感冒沖劑、板藍根沖劑在發病最初1～2天使用，可減輕症狀，但無抗病毒作用。
療效及預後：
單純型流感預後良好。流感病毒肺炎或（和）繼發細菌性肺炎，多發生在嬰幼兒、孕婦。原有慢性心肺疾患和老年患者預後較差，可能因心衰和呼吸衰竭而導致死亡。與流感相關的Reye綜合徵，病死率高。
此外，流感病毒亦可引起腦膜炎和腦炎，Reye綜合徵也與流感有關；亦可引起心肌炎、心包炎、急性肌炎、出血性膀胱炎、腎炎等。
