甲溝炎初起未成膿時，局部可選用魚石脂軟膏、金黃散糊等敷貼或超短波、紅外線等理療，適當應用抗菌藥。已成膿時，除了用抗菌藥，應行手術處理。對單側的皮下膿腫，可在甲溝旁切開引流；雙側皮下膿腫則需雙側引流。感染已累及指甲基部皮下週圍時，可在兩側甲溝各作縱行切口，將甲根上皮片翻起，整理切除指甲根部，置一小片凡士林紗布或乳膠片引流。如甲牀下已積膿，應將指甲拔去，或將膿腔上的指甲剪去。拔甲時，應注意避免損傷甲牀，以免日後新生指甲發生畸形。
嵌甲性甲溝炎要用到手術治療。例如：全甲拔除，經指根神經阻滯麻醉後拔除全甲，然後隔天換藥，恢復時間長，較痛苦，滲出多，複發率高達60~80%。
縮窄甲根也是一種有效的手術治療，甲後皺襞楔形切除：指根神經阻滯麻醉後，用無齒鑷的一腳分離甲側緣與甲牀，用尖剪從甲前緣向甲根剪去潛入甲溝部分的甲板，至甲角時，將延續於其後的甲上皮、甲皺頂楔形切除一小塊，拔出甲板邊緣，開放膿腔，並用刀刮除缺口下的甲母質，不留碎片，以達到縮窄甲根，切開引流的目的。術畢用3%雙氧水及生理鹽水沖洗後將0.5%碘伏棉球塞入甲溝中，次日拔除。
